I principi dell’omeopatia sono contenuti nelle opere di Samuel Hahnemann (1755-1843) e in particolare nell’Organon der Heilkunst, il suo testo teorico principale, edito nel 1810. Per meglio comprendere la natura della teoria omeopatica, è necessario considerare in quale ambito storico essa si formò. Nel diciottesimo secolo coesistevano due grandi linee di pensiero sulla natura della medicina: una che cercava le cause generali delle malattie (problemi di eccitabilità per Brown, pletora gastroenterica per Hoffmann, stasi a livello venoso per Stahl, ecc.); l’altra che voleva abbandonare le speculazioni teoriche deduttive per concentrarsi invece sulle osservazioni e le misurazioni dirette dei fenomeni, tramite esperimenti controllati (collegamento tra lesioni e sintomi, teorizzato da Giovan Battista Morgagni e Matthew Baillie).

In Germania entrambe le scuole di pensiero erano presenti, anche se l’influenza del romanticismo e della Naturphilosophie favoriva uno stile di pensiero molto speculativo. Dal punto di vista pratico, la medicina del tempo si basava su una Materia Medica mista, tra empirismo e tradizione, ricca di formulazioni polifarmaceutiche e salassi, con fortissimi dubbi sulla natura delle azioni dei rimedi. È sullo sfondo di questo dibattito che si pone la teorizzazione di Hahnemann, una risposta a quella che egli vedeva come una mancanza di utilità pratica delle speculazioni teoriche di molti suoi colleghi. Egli volle essere un radicale riformatore della medicina. Nel 1790, traducendo la Materia Medica di William Cullen, notò i risultati dei test con la cinchona (Cinchona succirubra, fonte del chinino), uno dei pochissimi rimedi allora riconosciuti come efficaci su una malattia specifica (le febbri intermittenti e la malaria).

Non contento della spiegazione di Cullen per questa azione specifica, Hahnemann assunse per varie volte la corteccia della pianta per esperimento, e notò che i sintomi elicitati erano gli stessi delle febbri intermittenti, e si susseguivano nello stesso ordine temporale (mani e piedi freddi, stanchezza e sonnolenza, ansia, tremore, prostrazione, mal di testa pulsante, arrossamento delle guance e sete) ma senza il forte innalzamento della temperatura.
L’anno seguente, dopo molto sperimentare, Hahnemann offrì la sua spiegazione: «la cinchona sopraffà e sopprime le febbri intermittenti principalmente eccitando una febbre di breve durata”, e se somministrata “poco prima dei parossismi mitiga la febbre intermittente». Altri farmaci sono in grado di produrre une febbre artificiale, ma non così specifica.

A seguito di questa scoperta Hahnemann dichiarò che solo osservando l’azione dei farmaci sull’organismo è possibile usarli in maniera razionale e che tale metodo è l’unico modo di osservare direttamente le azioni specifiche dei rimedi. Egli esprime questo concetto nel suo testo anticipatorio Essay on a new principle for ascertaining the curative power of drugs, dove si individuano i suoi due primi pilastri teorici, ovvero la legge dei simili (similia similibus curantur) e quella dell’utilizzo di dosi infinitesimali dei rimedi. La legge dei simili esprime il concetto che per curare una malattia il medico deve utilizzare una medicina che sia in grado di produrre una malattia artificiale ad essa molto simile, che si sostituisce ad essa per poi scomparire. Le dosi da utilizzarsi dovevano essere il minimo indispensabile a produrre una indicazione percettibile dell’azione del rimedio, e nulla più, in modo da minimizzare o annullare gli effetti avversi.

Tuttavia è solo qualche anno dopo (1801), nel trattare la scarlattina, che egli iniziò ad usare dosi infinitesimali. Gli anni dell’Ottocento furono i più fortunati per Hahnemann: la sua pratica a Torgau andava bene, ed è li che pubblicò l’Organon della medicina razionale (1810). Nel 1811 si trasferì a Lipsia, dove insegnò all’università e dove pubblicò la prima edizione della sua Materia Medica, con i risultati dei suoi test.  Ma l’Organon non fu solo un testo di medicina, bensì una radicale condanna dei sistemi medici contemporanei, un attacco che egli stesso dichiara essere dello stesso tenore di quello di Martin Lutero alla Chiesa cristiana.